1月1日 自治區人民委員會主席烏蘭夫發表元旦廣播講話——代《內蒙古日報》社論。指出，1966年內蒙古自治區要抓好幾件大事：大學毛主席著作，掀起學習毛主席著作的高潮；很好地總結自治區成立以來的經驗，提高認識水平；認真貫徹農牧林結合、多種經營、因地制宜、各有重點的農牧業生產方針，以及以水為主的各項措施，促進我區農牧業大發展。
1月18日 國務院批準，設立二連浩特市（縣級），屬錫林郭勒盟管轄；撤銷額爾古納旗，設立額爾古納左旗和額爾古納右旗，屬呼倫貝爾盟管轄，分別駐根河、三河鎮。
1月20日 中國人民解放軍空軍部隊使用內蒙古第二機械制造廠生產的紅旗2號發射架發射導彈，在包頭上空擊落美制蔣機U-2型高空偵查機。
1月25日 自治區黨委發出《關于組織廣大職工學習大慶經驗的通知》。
△ 自治區黨委決定，郭以青、沈新發，陳炳宇、云世英、潮洛濛、布赫、浩帆、厚和、突克、云北峰、肖應棠、李斌三、和興革等13人組成自治區黨委代常委。6月8日，又決定取消代常委。
2月4日 全區貧農、下中農和貧苦牧民、不富裕牧民代表大會，全區學習毛主席著作先進集體和積極分子代表會議，全區農村牧區社會主義建設先進單位和先進生產者代表會議，自治區農村牧區群眾性科學實驗小組積極分子代表會議同時在呼和浩特召開。烏蘭夫等領導出席大會，奎璧致開幕詞。
2月16日 自治區黨委任命張如崗為自治區黨委政法小組長。云世英任副組長。
2月21日 自治區貧農、下中農和貧苦牧民、不富裕牧民協會委員會成立，奎璧當選為主席。
2月 中共中央華北局和自治區黨委聯合指示，內蒙古軍區負責組建中國人民解放軍內蒙古生產建設兵團，由內蒙古軍區副司令員劉華香組成領導小組負責籌建工作。
△ 國防部任命王良太為內蒙古軍區參謀長。
3月5日 自治區黨委、人民委員會決定，成立自治區“三查”（即查材料、查設備、查資金）節約領導小組，以加強對全區“三查”節約工作的領導。沈新發任組長，張鵬云任副組長。
3月29日 根據中共中央華北局指示，自治區黨委決定，成立自治區經濟建設領導小組，李振華任組長，潮洛濛任副組長。
△ 自治區成立計劃委員會，潮洛濛任代理主任。撤銷原內蒙古自治區人民委員會直屬建設廳、物資廳、統計局、勞動局；成立自治區農牧林委員會，云北峰任代理主任，撤銷原內蒙古自治區人委直屬的農辦、農業廳、畜牧廳、農牧場管理局、林業廳、水利廳、氣象局；成立自治區工業交通委員會，李斌三任代理主任，撤銷原自治區人民委員會直屬的經濟委員會、重工業廳、輕工業廳、手工業管理局、農機局、煤炭局，交通廳；成立自治區財貿委員會，林蔚然任代理主任，撤銷原自治區直屬的財貿辦公室、商業廳、工商行政管理局、供銷社、外貿局、糧食廳、財政廳，成立自治區文教委員會，布赫任代理主任，撤銷原內蒙古自治區人民委員會直屬的文教辦公室、教育廳、文化局、衛生廳、計劃生育辦公室；成立內蒙古自治區人民委員會巡視室，吉雅泰任主任。
4月15日 自治區黨委發出《關于進一步開展大學毛主席著作運動的決定》，就各級領導干部學習毛主席著作的問題作出了具體規定。
4月16日 自治區高級人民法院召開特赦戰爭罪犯大會，院長特木爾巴根代表最高人民法院宣布特赦通知書，特赦釋放偽蒙古聯合自治政府戰犯寶貴廷。
4月18日 《內蒙古日報》開始轉載對吳晗和他編寫的歷史劇《海瑞罵皇帝》、《海瑞罷官》的批判文章。
4月25日 自治區在烏蘭察布盟和林格爾縣新營子村建成自治區第一座露天變電站。電站有供22萬畝耕地灌溉所需電力。
5月1日 自治區一座由國產技術裝備起來的年產60萬噸煤現代化露天煤礦——扎賚諾爾靈泉露天礦正式投產。
5月10日 自治區人民委員會批轉《內蒙古自治區計劃生育委員會1966年計劃生育工作總結和今后工作意見的報告》。指出，全區計劃生育工作發展不夠平衡，不夠深入廣泛，特別是農村。這一工作抓得好不好，將直接影響國計民生和民族健康，要求各級人民委員會引起足夠重視，將計劃生育工作列入工作日程。
5月16日 中共中央發出《中國共產黨中央委員會通知》（即《五·一六通知》），宣告“無產階級文化大革命”開始。17日，《內蒙古日報》發表社論《全區各族人民行動起來，積極參加無產階級文化大革命》。從此，內蒙古自治區同全國（除臺灣地區、香港、澳門地區外）一樣開始了一場歷時10年的“文化大革命”。
5月21日—7月25日 中共中央華北局工作會議在北京前門飯店召開（即前門飯店會議）。內蒙古自治區黨委第一書記烏蘭夫，書記處書記奎璧、王鐸、王再天、權星垣、高錦明、劉景平，黨委常委吉雅泰、雷代夫、克力更，少數代常委及自治區直屬機關有關部門、各盟市，旗縣及部分農村、牧區、城市“四清”工作團負責人參加了會議。會議傳達《中共中央關于開展無產階級文化大革命的通知》和中共中央政治局擴大會議精神，錯誤地組織與會者揭發批判內蒙古自治區黨委主要負責人的所謂反黨、反社會主義、反毛澤東思想、搞民族分裂等問題。
6月6日 《內蒙古日報》發表社論《做無產階級革命派，還是做資產階級保皇派》。錯誤地號召全區各族群眾起來，造所謂走資本主義道路當權派的反。8月下旬開始，全區上下紛紛成立了各種名稱的群眾組織，如：“井崗山”戰斗隊、“東方紅”戰斗隊、“紅旗”兵團等。內蒙古師范學院、內蒙古工學院、內蒙古大學、內蒙古農牧學院部分學生因受北京部分院校影響，開始在本校張貼大字報，揪斗“反黨反社會主義的黑幫”。之后，全區各大專院校、各盟市、旗縣中學開始揪斗所謂走資本主義道路的當權派以及地、富、反、壞、右分子（即“牛鬼蛇神”、“黑幫”），致使在校學生全部停課“鬧革命”。
6月10日 馬里蘇丹聯盟黨中央政治局委員、司法部長馬馬杜·馬戴拉·凱塔率領的馬里代表團，由國務院副總理陳毅陪同，到達呼和浩特進行友好訪問。內蒙古自治區人民委員會副主席王逸倫、沈新發等到機場迎接。
6月13日 自治區實行民族貿易“三項照顧”的地區，由原來16個旗增加到33個旗（至1987年，實行“三項照顧”的旗縣增加到50個）。從1月1日起實行，實行范圍由國營商業擴大到旗縣級供銷社企業。
7月19日 呼倫貝爾盟布特哈旗、阿榮旗、莫力達瓦達斡爾族自治旗發生急型克山病，至1967年1月，共發生病例392人，其中死亡60人。
7月27日 中共中央華北局向黨中央報送了《關于烏蘭夫錯誤問題的報告》，錯誤地給烏蘭夫扣上了反黨、反社會主義、反毛澤東思想、破壞祖國統一、搞民族分裂、內蒙古自治區黨組織中最大的走資本主義道路當權派的罪名。
7月 《實踐》雜志停刊。
△ 少先隊組織由“紅小兵”組織取代。共青團組織由“紅衛兵”組織取代。
8月4日 自治區黨委“文化革命”小組成立，高錦明任組長，權星垣任副組長；自治區黨委“四清”領導小組成立，王鐸任組長，李質、雷代夫任副組長；自治區黨委生產領導小組成立，李質任組長，沈新發任副組長。
8月10日 自治區黨委決定，改組中共呼和浩特市委。
8月16日 中共中央同意，免去烏蘭夫內蒙古自治區黨委第一書記、中共中央華北局第二書記職務，任命解學恭為內蒙古自治區黨委第一書記，李樹德、康修民為內蒙古自治區黨委書記處書記。30日，內蒙古自治區黨委發出《關于烏蘭夫等同志任免職務的通知》。
8月24日 “紅衛兵活動日”。呼和浩特等地大批“紅衛兵”沖上街頭破“四舊”（即舊思想、舊文化，舊風俗、舊習慣），一些商店的商品、家庭的什物、社會建筑物、人們的穿著等，只要認為不符合“革命化”的，一律被指責為“封、資、修”的東西砸毀、燒掉。清康熙年間所建廣化寺（畢克齊喇嘛洞），巴林右旗的薈福寺、圓會寺、慶州白塔等多座寺廟和古建筑被破壞或拆除，經卷燒掉，佛像法器被砸爛。婦女梳的長辮子也被認為是資產階級生活方式逼迫剪掉，甚至有的“紅衛兵”站在大街上攔住梳有長辮子的婦女強行剪發。
8月27日 自治區黨委召開直屬機關干部大會，自治區黨委主要負責人作報告，動員廣大干部炮打所謂資產階級司令部。
8月28日 自治區黨委高等院校“文化革命”領導小組成立，高錦明任組長，康修民任副組長。
8月29日 自治區財貿委員會糧食局撤銷，恢復自治區糧食廳。
△ 自治區人民委員會發出《關于撤銷五委恢復原各委、辦、廳、局的通知》。9月，自治區財貿委員會撤銷。財貿委員會財政局恢復為自治區財政廳，金墨言任廳長。
9月10日 內蒙古自治區直屬烏蘭牧騎成立。
9月 呼倫貝爾盟海拉爾市和新巴爾虎左旗“紅衛兵”在甘珠爾廟（亦稱壽寧寺，建于清乾隆四十九年）驅逐喇嘛，搗毀佛像，焚燒經卷，廟宇建筑遭到徹底破壞。
△ 全國性的“紅衛兵”大串聯開始。自治區各大中專院校師生隨之而動。
△ 擁有17架運-5型飛機的民航第11飛行大隊，由北京葦溝轉場呼和浩特白塔機場。主要擔負大興安峙護林，內蒙古、華北地區的磁測，農業滅蟲、除草、施肥，黃河流凌期間包頭至東勝空運旅客，郵件運輸等任務。該大隊于1969年又轉場衡陽。轉場時留下一個飛行中隊、一個機務分隊，組建成民航北京管理局獨立飛行中隊，駐呼和浩特白塔機場。
10月11日 烏蘭察布盟境內的百靈廟被“紅衛兵”毀壞，他們燒毀經卷，驅散喇嘛，這座有280多年歷史的古廟受到嚴重破壞。
10月 內蒙古自治區醫院新址在呼和浩特新城南門外落成開診。設有580張病床。
△ 全國各地刮起了“踢開黨委鬧革命”的風潮。11月4日，自治區黨委召開三級干部會議。會議錯誤地批判了自治區黨委在“文化大革命”運動中執行所謂資產階級反動路線，決定繼續開展階級斗爭，把學習毛主席著作的群眾運動推向高潮。
11月2日 中共中央同意，免去烏蘭夫內蒙古軍區司令員兼政治委員及內蒙古大學校長職務。
△ 自治區人民委員會發出《關于紅衛兵、革命師生赴外地進行革命活動生活補助費標準和醫療費的通知》，規定大、專、中學校“紅衛兵”、革命師生赴首都北京參觀和到外地進行革命串連的，一律按日計算，每人每天發給生活補助費0.30元。其醫療費，對于不享受公費醫療的師生，酌予放寬照顧。11月9日，自治區人民委員會又發出通知，給予革命串聯的“紅衛兵”、革命師生免費乘車。
11月 內蒙古黃河北岸新建的包頭市磴口電力揚水站建成。這座大型電力揚水站，安裝有34臺大型水泵，可提取黃河水灌溉內蒙古產糧區之一的土默川和包頭市郊區的50萬畝農田。
12月 自治區各文藝團體先后被迫停止正常演出工作。繼而各大中型廠礦、大中專院校紛紛辦起“毛澤東思想文藝宣傳隊”，演出反映“三忠于”（忠于黨、忠于人民、忠于毛主席）、“四無限”（無限熱愛黨中央、無限熱愛毛主席、無限熱愛毛澤東思想、無限熱愛毛主席的無產階級革命路線）等節目，以配合“文化大革命”運動。
△ 自治區西部跨省受電項目——寧夏石炭井至內蒙古吉蘭泰送變電工程（110千伏，95.5公里，5 600千伏安）建成投產。
1966年 呼倫貝爾盟海拉爾皮革廠李茂園工程師在中國首創鹽堿脫毛鞣制新工藝，并在全國推廣應用。
△ “文化大革命”開始，全國人民防空工作一度中斷，自治區人防機構隨之一度解體，停止工作。
△ 以編譯、出版中小學蒙文教材為主的內蒙古教育出版社，已將蒙文中小學、中等師范學校各科教學大綱、課本、教學參考書、學生課外讀物配套出齊，形成了門類齊全、成龍配套的中小學蒙文教材出版體系，填補了，內蒙古自治區出版史上的空白。
△ 自治區財政決算，當年收入48 455萬元，為自治區當年收入任務的107％；支出59 224萬元，為自治區調整預算支出數的80.2％。
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