1956年，中華東正教會在北京成立。同年10月，哈爾濱俄羅斯東正教會正式歸屬中華東正教會。不久，由北京派中國籍司祭杜弼寧（1963年病故，其繼任者為德樹志）接管海拉爾東正教堂，司祭姚寶順（繼任者是羅保明）接管牙克石教堂。從此，結束了俄羅斯東正教會在呼盟的活動，而由中華東正教會本著“自傳、自信、自養”的“三自”愛國原則，進行宗教活動。1956年秋，中華東正教會派員接管呼倫貝爾盟教務時，作為教徒主體的全盟蘇僑或無國籍俄羅斯人，只剩3000余人，另外約有幾千人雖然也信奉該教，但其信教熱情遠不及俄僑，如華俄后裔及鄂溫克等少數民族。截至1966年“文化大革命”前，全市俄僑已不足600人，分散居住各地，且有相當一部分屬于中外混合國籍家庭成員，對宗教活動已失去熱情。“文化大革命”前，海拉爾、牙克石的東正教堂已顯現出破敗、冷落的狀況，“文化大革命”中紅衛兵破“四舊”時被搗毀。

1978年以后，大多數信教群眾由家庭活動走向社會，恢復正常的宗教活動。額爾古納右旗7016名華俄后裔人口中（1987年末統計數，其中約近半數已根據黨的民族政策精神，由原登記的漢族經自愿申請，并經政府批準改為俄羅斯族），約有2500余人信仰東正教。由于該旗原有的10余處東正教堂早已關閉，且在“文化大革命”期間全部被拆毀，信教群眾的嬰兒出生命名、洗禮及婚喪禮儀等無法進行。根據信教群眾的要求，額爾古納右旗人民政府自1988年以來幾次申請恢復重建部分東正教堂。