內蒙古自治區是全國生態環境保護的重要地區，生態環境的好壞，起著對生態保護屏障的作用。

自治區地處東部季風與干燥寒冷的西北風的交會地帶，內蒙古高原是全國西北風的風口，廣大區域的草原和荒漠植被一方面保護著地表的土壤，另一方面有效地減緩著西北風前進的速度。大興安嶺有著豐富的森林資源，對調節氣候、涵養水源，維護呼倫貝爾草原和松嫩平原生態系統的穩定發揮著巨大作用。東北、華北地區的大江、大河的上源分布在內蒙古，華北、華中等地區風沙和泥雨的沙源也多來源于內蒙古。

內蒙古生態環境保護的重要性還在于對世界生物多樣性保護的貢獻。內蒙古的地域跨度和分異清楚的自然地帶，形成復雜多樣的生態系統，孕育豐富的物種資源，其中有許多是世界少有的珍稀物種和特有群落。保護內蒙古生態環境的重要性更在于為了實現自治區經濟、社會的持續發展。

經過幾十年的努力，內蒙古自治區生態環境建設取得一定的成績，先后實施和啟動水土流失、小流域治理、三北防護林、平原綠化、治沙工程以及大規模的草牧場建設和開始啟動的天然林保護工程，并制定出臺一系列的政策和法規。

在生態環境保護方面，自1995年自治區人大常委會作出《關于加強資源和環境保護的決定》以來，全區生態環境保護的力度不斷加大，同時相繼出臺《內蒙古自治區自然保護區實施辦法》《內蒙古自治區環境保護“九五”計劃和2010年遠景目標》《內蒙古自治區自然保護區建設發展總體規劃》《阿拉善生態環境綜合治理規劃》《黃河流域水污染防治規劃》《西遼河流域水污染防治規劃》《內蒙古自治區生態環境保護規劃（2000—2005年）》《內蒙古自治區生態示范區驗收標準》《內蒙古自治區環境保護“十五”計劃》《內蒙古自治區關于加快沙區山區生態建設的規定》《內蒙古自治區關于在西部大開發中加強環境保護工作的決定》《內蒙古自治區關于加強旅游資源環境保護工作的通知》《內蒙古自治區關于加強道路交通建設環境保護工作的通知》等有關的政策、法規及規劃，生態環境保護的宏觀調控能力逐步得到加強。全區大中型建設項目環境影響評價制度和“三同時”制度的執行率達100%，污染和破壞生態環境的3642家“十五小”企業全部取締，啟動一批綠色工程項目。截至2000年底，全區自然保護區的數量從1995年的14個增加到96個，自然保護區的面積達到7.65萬平方公里，占自治區國土面積的6.5%。結合生態環境建設，全區已有3個旗縣以及91個鄉鎮（蘇木）、村（嘎查）編制完成生態示范區建設規劃并已開始實施。

為加大生態保護力度，自治區黨委、政府于2006—2008年相繼出臺《關于落實科學發展觀加強環境保護的決定》《關于切實加強林地保護管理工作的通知》《關于完善退耕還林政策的實施意見》《關于切實加強防沙治沙工作的決定》《內蒙古自治區耕地占用稅實施辦法》。

在20世紀80年代，由于過度放牧、不適當的開墾和耕作、森林過度采伐，以及對水資源的不合理利用等原因，致使內蒙古的資源與環境在開發過程中遭到嚴重破壞，生態環境的承載能力越來越低，突出的生態環境問題也越來越多，生態環境惡化的趨勢明顯加劇。生態環境的惡化，導致自然災害頻繁發生。內蒙古西部阿拉善地區的沙塵暴在逐年向東推移，被稱為綠色凈土的呼倫貝爾在草原墾區內也出現了黃沙天氣。在大興安嶺，除北部林區外，其他區域森林可采資源已近枯竭，林區生態環境已發生明顯變化。全區水災、旱災頻繁發生，水災的隱患越來越多。

隨著工礦業建設和鄉鎮企業的發展，內蒙古自治區出現一些新的生態環境問題。油田開采對草原生態環境帶來的影響及污染與破壞；礦山開發引發的一系列生態環境問題；小煤窯、小土焦、土法采煉金等企業對生態環境造成的污染與破壞，這些都直接影響自治區經濟與社會的持續發展。

“九五”計劃期間（1996—2000），自治區抓住國家生態建設與環境保護的政策機遇，全面加大生態建設、自然保護和污染治理的力度，從整體上推進改善生態環境的步伐。全區已累計治理荒漠化土地和水土流失面積23萬平方公里，森林覆被率提高到14.82%；人工建設草場面積累計達5.3萬平方公里（8000萬畝）；建立自然保護區96個，占全區土地總面積的15%。但就總體而言，自治區生態環境仍呈現惡化趨勢，土地荒漠化仍在以每年66.7萬公頃（1000萬畝）的速度擴大，尚需治理的荒漠化土地面積約占全區總土地面積的60%。

在《全國生態環境建設規劃》中確定的八個生態環境惡化類型地區，內蒙古包括在黃河中上游及黃土高原水土流失地區，“三北”風沙區，東北黑土漫崗水土流失區，草原退化、沙化、堿化區等四個類型的地區，是全國生態環境惡化嚴重的省區之一。全區50個貧困旗縣和200余萬貧困人口集中分布在阿拉善、陰山北部、科爾沁等生態環境嚴重惡化的地區，加大生態環境治理的難度。

內蒙古自治區各級政府堅持可持續發展戰略，堅持保護和建設并重，以保護先行的方針，堅持不懈的開展生態建設和環境保護工作。全區各盟市旗縣從實際出發，通過開展各種活動，提高社會各界和廣大群眾對生態環境建設的認識，調動全社會參與生態建設的積極性，開創新的工作局面。自治區在草原建設方面每年的總體規模都在200萬公頃（3000萬畝）以上，發揮生態建設促進畜牧業發展的作用。在林業建設方面“九五”期間平均每年完成人工造林40萬公頃（600萬畝），飛機播種造林和封山（沙）育林（草）各6.7萬公頃（100萬畝），造林累計完成計劃的105%，重點生態工程累計完成計劃的109%，森林覆蓋率增加1.2個百分點；全區平原綠化達標旗縣達到10個，比“八五”末增加6個。在生態環境保護工程建設方面，國家級生態示范區有3個，面積為262.2萬公頃（3933畝），省級生態示范區1個，面積為2萬公頃（30畝）。

“十五計劃期間（2001—2005），內蒙古自治區生態環境保護與建設取得新進展，局部生態環境有所好轉，特別是在草原、森林等生態建設、自然保護區和生態示范區建設等方面成績顯著，相繼啟動實施退耕還林還草工程、京津風沙源治理工程及退牧還草八大重點生態建設工程，范圍涉及自治區90%以上的旗縣，促進全區生態環境保護與建設的發展。