東正教又稱東方正統基督教，或稱希臘正教，是基督教的三大派別之一。

東正教在呼倫貝爾地區大規模傳入是從19世紀末和20世紀初開始的。清光緒二十四年（1898年），中東鐵路開始勘建時，大批俄國鐵路勘測工程技術人員進入呼倫貝爾盟境內，預定筑路地域。以后隨著鐵路通車營運，俄國鐵路職工、家屬、工商業者等移民便在鐵路沿線“蜂屯蟻聚”。清光緒三十三年（1907年），據中東鐵路局統計，從滿洲里到扎蘭屯的鐵路沿線各站，共有俄國居民15790人，其中滿洲里7005人（含扎賚諾爾礦區），海拉爾4375人，博克圖2767人，扎蘭屯1643人。同時，大批沙俄雇傭兵也以鐵路護路隊名義分駐鐵路沿線各地。清光緒二十六年（1900年），中東鐵路公司西部工區在滿洲里火車站南側修建了謝拉菲姆教堂。清光緒二十八年（1902年），由赤塔教會修士司祭米海依發動募捐，在滿洲里西二道街修建伊諾根其耶夫教堂，以及同年由中東鐵路公司投資在海拉爾鐵道北修建斯巴西·普里阿布拉金斯克（主易圣容或譯基督變容）西部區中心教堂等。

與此同時，在呼倫貝爾盟（今呼倫貝爾市）境內還出現一些俄國人（基本上屬于非法越境者）進行東正教傳播活動。即那些趁清末邊防管理松弛，由額爾古納河以西俄方一側非法移入中國境內定居的后貝加爾俄國農民，在今額右旗境內的三河流域進行季節性或常年性生產，形成許多俄國僑民聚居的村屯。清光緒三十三年（1907年），已有24屯1031戶，興建教堂，從事宗教活動。

民國元年（1912年）初，呼倫貝爾“獨立”后，沿邊各卡倫被俄兵搗毀，使原來就不夠健全的邊防管理制度廢弛，在相當長一段時期內俄國人越河移住中國幾乎不受限制。有大批俄國邊民移住中國境內的額爾古納河以東，大舉耕墾。民國17年（1928年），俄國十月革命前夕，呼倫貝爾盟中東鐵路沿線及額右旗三河一帶，俄國移民已達2萬余人。

俄國十月革命勝利后，又有數萬名被紅軍擊敗的白俄官兵整建制或零星地撤退到中國邊境地區，他們中許多人后來在呼倫貝爾盟各地落戶。額爾古納河以西后貝加爾地區的俄國農民，或受白匪的威脅逼迫，或受反革命分子的蠱惑欺騙，或因逃避戰禍，也越界來到三河一帶安家落戶。20世紀30年代初，已形成大小近30個由俄國移民組成的村落和10余個中俄雜居的村屯，有的幾乎是全村村民全部搬了過來。

隨著呼倫貝爾盟東正教徒的急劇增多，東正教會的傳教活動以及教堂的建設也進入急劇發展時期。從清光緒二十六年（1900年）在滿洲里建成第一座東正教堂起，截至40年代末，在呼倫貝爾盟各地先后建有不同規模的東正教堂38座。其間，除個別關閉、拆遷或毀于戰火外，到20世紀50年代中期蘇僑大批回國前，全市有東正教堂共約30座（不含幾處臨時祈禱所）。

1954—1955年，根據蘇聯政府安排，呼倫貝爾盟有2萬余名蘇僑回國。大多數村屯的蘇僑連同教堂的神職人員一起離境，隨之各地東正教堂陸續關閉。