1955年11月,經國務院批準,將甘肅省蒙古自治州更名為甘肅省巴彥浩特蒙古自治州(地級,設州長),駐巴彥浩特,阿拉善旗歸其管轄。1956年4月3日,經國務院批準,將甘肅省巴彥浩特蒙古自治州劃歸內蒙古自治區管轄。同時,撤銷巴彥浩特蒙古自治州建制,阿拉善旗人民委員會歸屬新設置的巴彥淖爾盟(今巴彥淖爾市)人民委員會領導。同時,將巴彥浩特改建為巴彥浩特市(縣級),為巴彥淖爾盟駐地。1958年9月5日,經國務院批準,撤銷巴彥浩特市,其區域并入阿拉善旗。
1961年4月22日,經國務院批準,撤銷阿拉善旗建制,設立阿拉善左旗和阿拉善右旗,將阿拉善旗區域分別劃歸阿拉善左旗、阿拉善右旗、巴彥浩特鎮和烏達鎮。阿拉善左、右旗和烏達鎮隸屬巴彥淖爾盟。同年5月31日,內蒙古自治區人民委員會通知,阿拉善左旗駐巴彥浩特鎮,轄原阿拉善旗東部嘉爾格拉賽汗等11個人民公社(后經過調整人民公社范圍,改建為23個人民公社)。
1955年11月,經國務院批準,將甘肅省蒙古自治州更名為甘肅省巴彥浩特蒙古自治州(地級,設州長),駐巴彥浩特,阿拉善旗歸其管轄。1956年4月3日,經國務院批準,將甘肅省巴彥浩特蒙古自治州劃歸內蒙古自治區管轄。同時,撤銷巴彥浩特蒙古自治州建制,阿拉善旗人民委員會歸屬新設置的巴彥淖爾盟(今巴彥淖爾市)人民委員會領導。同時,將巴彥浩特改建為巴彥浩特市(縣級),為巴彥淖爾盟駐地。1958年9月5日,經國務院批準,撤銷巴彥浩特市,其區域并入阿拉善旗。
1961年4月22日,經國務院批準,撤銷阿拉善旗建制,設立阿拉善左旗和阿拉善右旗,將阿拉善旗區域分別劃歸阿拉善左旗、阿拉善右旗、巴彥浩特鎮和烏達鎮。阿拉善左、右旗和烏達鎮隸屬巴彥淖爾盟。同年5月31日,內蒙古自治區人民委員會通知,阿拉善左旗駐巴彥浩特鎮,轄原阿拉善旗東部嘉爾格拉賽汗等11個人民公社(后經過調整人民公社范圍,改建為23個人民公社)。